杭州市畜牧兽医局为市编委批准的副局级事业单位，同时挂杭州市动物卫生监督所牌子，2008年8月正式挂牌运作。杭州市畜牧兽医局核定事业编制82名，内设机构6个，现实有在编人员65名，聘用人员50名。根据《中华人民共和国动物防疫法》等法律法规的规定和市编委文件，市畜牧兽医局主要负责全市重大动物疫病的防控、动物和动物产品的检疫、动物卫生监督执法和畜产品安全监管等公共管理职能，承担的职能事关公共卫生安全、人民群众身体健康和社会稳定。

    杭州市畜牧兽医局占地15亩，建有4366m2 的五层办公大楼，集办公、培训和实验室为一体。建有动物疫病诊断监测和畜产品质量安全监测两个先进实验室，仪器设备投资达 1000余万元。还建有1100m2室外运动场。绿化面积占70%，环境优雅，景色怡人。

    杭州市畜牧兽医局内设综合处、动物防疫处、动物卫生管理处、动物卫生稽查处、畜产品安全监管处、检疫监管处等6个机构。总站党总支下设三个党支部（2个在职支部、1个退休支部），共有党员34名（其中退休党员6名）。杭州城区的东、南、西、北共建有五个报验备案分站。

    杭州市畜牧兽医局的主要职责是：依法实施动物防疫和防疫监督及动物和动物产品的检疫；负责重大动物疫病防疫物资储备和调拨；负责兽医生物实验室安全管理和全市兽医工作的具体业务指导等。